Index

_

_equilibration() (poresim.actuate.Actuate method) _fill() (poresim.construct.Construct method) _itp() (poresim.topology.Topology method) _pos_dat() (poresim.construct.Construct method) _read() (poresim.topology.Topology method)

_simulation() (poresim.actuate.Actuate method) _structure() (poresim.construct.Construct method) _topol_index() (poresim.construct.Construct method) _update_config() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.simulate.Simulate method)

A

Actuate (class in poresim.actuate) add_box() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.box.Box method) (poresim.simulate.Simulate method) add_charge_si() (poresim.box.Box method)

add_mol() (poresim.box.Box method) add_pore() (poresim.box.Box method) add_struct() (poresim.box.Box method) add_topol() (poresim.box.Box method) Analyze (class in poresim.analyze)

B

Benchmark (class in poresim.benchmark)

Box (class in poresim.box)

C

Construct (class in poresim.construct)

copy() (in module poresim.utils)

E

extract_mol() (poresim.analyze.Analyze method)

G

generate() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.simulate.Simulate method) generate_files() (poresim.actuate.Actuate method) (poresim.construct.Construct method) (poresim.parameter.Parameter method) (poresim.topology.Topology method) get_box() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.simulate.Simulate method) get_job() (poresim.box.Box method)

get_label() (poresim.box.Box method) get_mols() (poresim.box.Box method) get_name() (poresim.box.Box method) get_param() (poresim.box.Box method) get_sim_dict() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.box.Box method) (poresim.simulate.Simulate method) get_struct() (poresim.box.Box method) get_topol() (poresim.box.Box method)

M

mkdirp() (in module poresim.utils) mmol_g_to_mumol_m2() (in module poresim.utils) mmol_l_to_mols() (in module poresim.utils) module poresim.utils

mols_to_mmol_l() (in module poresim.utils) mols_to_mumol_m2() (in module poresim.utils) mumol_m2_to_mols() (in module poresim.utils)

P

Parameter (class in poresim.parameter)

poresim.utils module

R

replace() (in module poresim.utils)

S

set_box() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.simulate.Simulate method) set_cluster() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.simulate.Simulate method) set_job() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.box.Box method) (poresim.simulate.Simulate method) set_label() (poresim.box.Box method)

set_name() (poresim.box.Box method) set_param() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.box.Box method) (poresim.simulate.Simulate method) set_sim_dict() (poresim.benchmark.Benchmark method) (poresim.box.Box method) (poresim.simulate.Simulate method) Simulate (class in poresim.simulate)

T

Topology (class in poresim.topology)