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Molecule ======== .. currentmodule:: porems.molecule .. autoclass:: Molecule .. rubric:: Methods .. autosummary:: ~Molecule._box_size ~Molecule._concat ~Molecule._read ~Molecule._temp ~Molecule._vector ~Molecule.add ~Molecule.append ~Molecule.bond ~Molecule.centroid ~Molecule.column_pos ~Molecule.com ~Molecule.delete ~Molecule.get_atom_list ~Molecule.get_atom_type ~Molecule.get_box ~Molecule.get_charge ~Molecule.get_mass ~Molecule.get_masses ~Molecule.get_name ~Molecule.get_num ~Molecule.get_short ~Molecule.move ~Molecule.overlap ~Molecule.part_angle ~Molecule.part_move ~Molecule.part_rotate ~Molecule.pos ~Molecule.put ~Molecule.rotate ~Molecule.set_atom_name ~Molecule.set_atom_residue ~Molecule.set_atom_type ~Molecule.set_box ~Molecule.set_charge ~Molecule.set_mass ~Molecule.set_masses ~Molecule.set_name ~Molecule.set_short ~Molecule.switch_atom_order ~Molecule.translate ~Molecule.zero